A Szovjetunió már 1989 áprilisában részleges katonai kivonulást kezdett Magyarországról, hajlandónak mutatkozott csapatai általános kivonásáról is tárgyalni.
Az 1989 december 2 – i máltai Bush – Gorbacsov találkozó megfogalmazta Európa „békés és demokratikus” átalakításának programját.
A Szovjetunió nem informálta a szocialista országok kormányait stratégiai céljairól, az USA viszont tájékoztatta a megállapodások kulisszatitkairól az általa támogatott kelet – európai radikális ellenzék erőit.
Néhány hetes, kormányok közötti erős huzavona után 1990. március 10 – én megszületett a megállapodás. Moszkvában Horn Gyula és Eduard Sevardnadze, a két ország külügyminisztere ünnepélyes külsőségek között aláírták a teljes szovjet csapatkivonásról intézkedő kormányközi egyezményt. Eszerint a csapatkivonások 1990. március 12 – én kezdődnek és 1991. június 30 – án fejeződnek be.
Az első szovjet egységek március 12 – én Hajmáskéren kezdték meg a kivonulást.
A felszereléseket, harcászati eszközöket és a lebontott laktanyák épületelemeit a záhonyi átrakó pályaudvaron létesített katonai rakodóbázison tették át a magyar szerelvényekből a szovjet vagonokba. A több mint egy éves művelet során a szovjet fél végig tartotta a „menetrendet”: a katonák naponta egy – egy szerelvényt indítottak útnak a szomszédos ország közeli – távoli vidékeire. A személyi állomány kivonása ezzel párhuzamosan zajlott. Az első, szovjet katonákat hazaszállító katonavonat, amely a Veszprém megyében szolgálatot teljesített harckocsiezred egy gépesített lövész zászlóalját vitte a Szovjetunióba, 1990. március 13 – án hagyta el Magyarország területét.
A következő 15 hónap folyamán csaknem 35 ezer vasúti kocsi szállította el a 100 ezer katonát és polgári személyt, valamint a mintegy 27 ezer harci technikai eszközt és a több százezer tonna anyagot. Az 1991. június 16 – án elindult utolsó katonavonat a felszámolt rakodóbázisok felszereléseit vitte magával.
Az utolsó szovjet katona, Viktor Silov altábornagy, a hazánkból kivonult Déli Hadseregcsoport parancsnoka 1991. június 19 – én 15 óra 01 perckor a záhony – csapi hídnál lépte át a magyar – szovjet határt.
Mindez azt jelentette, hogy ezt követően Magyarország területén 1944. március 19. óta először nem állomásoztak ideiglenes csapatok.